Les deux signifient le noir, mais il semble y avoir une différence de nuance - comme pratiquement toujours lorsque deux mots différents signifient (presque) la même chose. J'ai l'impression qu'Ater est plus dans le sens de "Tusle" et que le Niger est plus "malveillant" ou "sans lutte".
Que signifie Ater?
Verbe. ater. à envoyer, à livrer.
Qu'est-ce que le noir en latin classique?
ater, atra, atrum: noir (sombre) (atrabilious)